Cách bố trí của phòng thí nghiệm xem xét đầy đủ các đặc điểm của việc giám sát môi trường có cả giám sát tại chỗ và phân tích trong phòng thí nghiệm, kết hợp với quy trình và trình tự giám sát môi trường, an toàn phòng thí nghiệm, chức năng chuyên môn của phòng thí nghiệm và hướng phát triển trong tương lai của trạm giám sát (hữu cơ và sinh thái là chủ yếu). Mỗi tầng được trang bị phòng thí nghiệm phân tích, phòng phân tích dụng cụ, phòng cân đo, phòng thí nghiệm sơ chế và phòng thí nghiệm chức năng phụ trợ. Phòng thí nghiệm chức năng phụ trợ bao gồm phòng mẫu, phòng rửa chai, phòng thiết bị, v...v... Một phòng thí nghiệm nhất định được dành sẵn ở mỗi tầng để phát triển trong tương lai.